Schon bald nach seinem Tode im Jahre 739 setzte die Verehrung Willibrords als Heiliger ein; seine Gebeine wurden aus dem ursprünglichen Bodengrab in ein Hochgrab erhoben (elevatio). Der Kult, zunächst auf Willibrords Missionsgebiet beschränkt, bekam durch die Biographien Alkuins und Thiofrids eine größere Ausbreitung. Nach und nach wurde Willibrord in Kalendern und Brevieren erwähnt und bekam eine Eigenmesse. Auch begann man Reliquien auszugeben. Die Gebeine, die man wegen der Normanneneinfälle an einem geheimen Ort versteckt hatte, wurden im Jahre 1031 bei der Konsekration der neu errichteten Kirche wieder aufgesucht, gefunden und feierlich beigesetzt. Nach der Aufhebung der Abtei infolge der Französischen Revolution, fand der Sarkophag im Chor der Pfarrkirche St. Peter und Paul Aufstellung, wurde dann wieder im Jahre 1906 in die restaurierte Abteikirche zurückgeführt und in einem neugeschaffenen Grabdenkmal im Chor aufgestellt. 1938 wurde er in der Krypta, unweit der ursprünglichen Grablege Willibrords, aufgestellt.
Willibrord-Messe
An jedem Montag um 9 Uhr wird in der Krypta der Basilika, am Grabe des hl. Willibrord, eine Willibrordus-Messe gefeiert, wo für die Anliegen , die an den H. Pfarrdechanten herangetragen wurden, gebetet wird.
